La Xarxa Valenciana de Ciutats per la Innovació cuenta con los siguientes órganos:
Estos son los encargados de representar, gestionar y administrar la Asociación.
Solo los miembros de la Xarxa podrán formar parte de estos Órganos, a los que prestarán apoyo la Secretaría Técnica y otras entidades colaboradoras.
El Pleno es el Órgano supremo de Gobierno de la Xarxa. Está formado por los alcaldes, o personas en quien deleguen, de las Ciudades que formen parte de esta asociación.
El Consejo Rector es el órgano ejecutivo de la Xarxa Valenciana de Ciutats per la Innovació. Por lo tanto, su papel es representar, dirigir y administrar la organización, siguiendo las directrices del Pleno.
Todos los miembros del Consejo Rector serán electos por el Pleno mediante mayoría simple entre los Alcaldes de los municipios socios, y ejercerán su participación durante un plazo de dos años prorrogable.
El Consejo Rector está integrado la Presidencia, por tres ayuntamientos que representan las tres municipios ubicados en cada una de las provincias que conforman la Comunitat Valenciana, y un ayuntamiento miembro de la red representando a los municipios con una población inferior a 10.000 habitantes.
Actualmente ostentan el cargo de miembros de Consejo Rector: Vila-real, Alcoy, Ontinyent y Almussafes.
Pueden participar en el Consejo Rector tanto un representante de los invitados como de los colaboradores. Sin embargo, estos tendrán voz, pero no voto.
La presidencia podrá ser ejercida de manera individual o compartida y será elegida por el Pleno, de entre los Alcaldes de los municipios socios. Asimismo, dicho organismo es el encargado de representar a la red ante cualquier persona u organismo, convocar reuniones del Pleno, dirigir las deliberaciones y ejecución de acuerdos.
Actualmente ostenta la Presidencia de la Xarxa, el municipio de Vila-real.