La Xarxa Valenciana de Ciutats per la Innovació compta amb els òrgans següents:
Aquests són els encarregats de representar, gestionar i administrar l'associació.
Només els membres de la Xarxa podran formar part d'aquests òrgans, als quals donaran suport la Secretaria tècnica i altres entitats col·laboradores
El Ple és l'òrgan suprem de govern de la Xarxa. Està format pels alcaldes, o persones en qui deleguen, de les ciutats que formen part d'aquesta associació.
El Consell Rector és l'òrgan executiu de la Xarxa Valenciana de Ciutats per la Innovació. Per tant, el seu paper és representar, dirigir i administrar l'organització, seguint les directrius del Ple.
Tots els membres del Consell Rector seran elegits pel Ple mitjançant majoria simple entre els alcaldes dels municipis socis i exerciran la seua participació durant un termini de dos anys prorrogable.
El Consell Rector està format per la Presidència, per tres ajuntaments que representen tres municipis situats en cadascuna de les províncies que conformen la Comunitat Valenciana, i un ajuntament membre de la xarxa que representarà els municipis amb una població inferior a 10.000 habitants.
Actualment, ostenten el càrrec de membres del Consell Rector: Vila-real, Alcoi, Ontinyent i Almussafes.
També poden participar en el Consell Rector un representant dels convidats i un dels col·laboradors. No obstant això, aquests tindran veu, però no vot.
La Presidència podrà ser exercida de manera individual o compartida i serà escollida pel Ple d'entre els alcaldes dels municipis socis. Així mateix, aquest organisme és l'encarregat de representar la Xarxa davant qualsevol persona o organisme, convocar reunions del Ple i dirigir les deliberacions i l’execució d'acords.
Actualment, ostenta la Presidència de la Xarxa: el municipi de Vila-real.